從理論上講，任何活的含完整細胞核的植物細胞都具有全能性，只要條件適宜，都能再生成完整植株。所以，外植體可以是植物細胞、組織或器官，甚至是原生質體。由于不同植物種類以及同種植物的不同器官對誘導條件的反應是不一致的，有的部位誘導成功率高，有的部位很難脫分化，有的即使脫分化，再分化頻率也很低，出芽不長根，或長根不長芽。因此，生產實踐中必須選取最易表達全能性的部位，以降低生產成本。一般多選擇莖段、莖尖、葉片、花藥等作為組培快繁的外植體。選擇外植體主要從植物的基因型、生理狀態、取材季節、取材部位等考慮。
1.植物基因型
植物組織培養的難易程度與植物的基因型相關。一般來說，草本植物易于木本植物；雙子葉植物易于單子葉植物。因此，選取優良的或特殊的具有一定代表性的基因型，可以提高組織培養的成功率，增加其實用價值。
2.生理狀態
外植體的生理狀態和發育年齡直接影響植物離體培養過程中的形態發生。越幼嫩、年限越短的組織越具有較高的形態發生能力，組織培養越易成功。
3.取材季節
外植體最好在其生長開始的季節選取，若在生長末期或已經進入休眠期選取，則外植體會對誘導反應遲鈍或無反應。如百合鱗片外植體，春、秋季取材容易形成小鱗莖，夏、冬季取材培養則難形成小鱗莖。
4.植物的長勢
生長健壯的器官或組織代謝旺盛，再生能力強，培養容易成功。
5.取材部位
在確定取材部位時，一方面要考慮培養材料的來源是否有保證和容易成苗；另一方面要考慮經過脫分化產生的愈傷組織的培養途徑是否會引起不良變異，喪失原品種的優良性狀。對于培養較困難的植物，在培養材料較多的情況下，最好比較各部位的誘導及分化能力，既保質又保量。
6.外植體大小
選擇外植體的大小，應根據培養目的而定。如果是胚胎培養或脫除病毒，則外植體宜小；如果是進行快速繁殖，外植體宜大。但外植體過大，消毒往往不徹底，易造成污染；過小則離體培養難于成活。一般外植體大小在0.5～1.0cm為宜。具體說葉片、花瓣等約為5mm×5mm，莖段長約帶1～2個節，莖尖分生組織帶1～2個葉原基，大小約0.2～0.5mm等。