1．有機化合物(organic compound)
培養基中若只含有大量元素與微量元素，常稱為基本培養基。根據不同的培養目的往往要加入一些有機物以利于快速生長。常加入的有機成分主要有以下幾類：
(1) 碳水化合物：最常用的碳源是蔗糖，葡萄糖和果糖也是較好的碳源，可支持許多組織很好的生長。麥芽糖、半乳糖、甘露糖和乳糖在組織培養中也有應用。蔗糖使用濃度在2％～3％，常用3％，即配制1L培養基稱取30g蔗糖，有時可用2.5％，但在胚培養時采用4％～15％的高濃度，因蔗糖對胚狀體的發育起重要作用。不同糖類對生長的影響不同。從各種糖對水稻根培養的影響來看，以葡萄糖效果最好，果糖和蔗糖相當，麥芽糖差一些。不同植物不同組織的糖類需要量也不同，實驗時要根據配方規定按量稱取，不能任意取量。高壓滅菌時一部分糖發生分解、制定配方時要給予考慮。在大規模生產時，可用食用的綿白糖代替。
(2) 維生素(vitamin) 這類化合物在植物細胞里主要是以各種輔酶的形式參與多種代謝活動，對生長、分化等有很好的促進作用。雖然大多數的植物細胞在培養中都能合成所必需的維生素，但在數量上還明顯不足，通常需加入一至數種維生素，以便獲得最好的生長。主要有VB1(鹽酸硫胺素)、VD6(鹽酸吡哆醇)、Vpp(煙酸)、VC(抗壞血酸)、有時還使用生物素、葉酸、VB2等。一般用量為0.1～1.0mg/L。有時用量較高。VB6能促進根的生長，Vpp與植物代謝和胚的發育有一定關系。Vc有防止組織變褐的作用。
(3) 肌醇 (inositol)又叫環己六醇，在糖類的相互轉化中起重要作用。通常可由磷酸葡萄糖轉化而成，還可進一步生成果膠物質，用于構建細胞壁。肌醇與6分子磷酸殘基相結合形成植酸，植酸與鈣、鎂等陽離子結合成植酸鈣鎂，植酸可進一步形成磷脂，參與細胞膜的構建。使用濃度一般為l00mg/L，適當使用肌醇，能促進愈傷組織的生長以及胚狀體和芽的形成。對組織和細胞的繁殖、分化有促進作用，對細胞壁的形成也有作用。
(4) 氨基酸(aminoacide) 是很好的有機氮源，可直接被細胞吸收利用。培養基中最常用的氨基酸是甘氨酸，其他的如精氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、天冬酰胺、丙氨酸等也常用。有時應用水解乳蛋白或水解酪蛋白，它們是牛乳用酶法等加工的水解產物，是含有約20種氨基酸的混合物，用量在10～1000mg/L之間。由于它們營養豐富，極易引起污染。如在培養中無特別需要，以不用為宜。
(5) 天然復合物 其成分比較復雜，大多含氨基酸、激素、酶等一些復雜化合物。它對細胞和組織的增殖與分化有明顯的促進作用，但對器官的分化作用不明顯。它的成分大多不清楚，所以一般應盡量避免使用。
1) 椰乳 是椰子的液體胚乳。它是使用最多、效果最大的一種天然復合物。一般使用濃度在10％～20％，與其果實成熟度及產地關系也很大。它在愈傷組織和細胞培養中有促進作用。在馬鈴薯莖尖分生組織和草莓微莖尖培養中起明顯的促進作用，但莖尖組織的大小若超過1mm時，椰乳就不發生作用。
2) 香蕉 用量為150～200ml/L。用黃熟的小香蕉，加入培養基后變為紫色。對pH值的緩沖作用大。主要在蘭花的組織培養中應用，對發育有促進作用。
3) 馬鈴薯(potato) 去掉皮和芽后，加水煮30min，再經過過濾，取其濾液使用。用量為150～200g/L。對pH值緩沖作用也大。添加后可得到健壯的植株。
4) 水解酪蛋白 為蛋白質的水解物，主要成分為氨基酸，使用濃度為100～200mg/L。受酸和酶的作用易分解，使用時要注意。
5) 其他 酵母提取液(YE)(0.01％～0.05％)，主要成分為氨基酸和維生素類；麥芽提取液(0.01％-0.5％)、蘋果和番茄的果汁、黃瓜的果實、未熟玉米的胚乳等。遇熱較穩定，大多在培養困難時使用，有時有效。