愈傷組織誘導成功后，如何有效地誘導出不定芽是相當重要的。外植體產生愈傷組織到的時間和愈傷生長的程度，隨不同植物種類和培養條件有較大的差異。有些植物形成不定芽比較容易，能夠直接從外植體受傷的或沒有受傷的部位分化出不定芽。一般認為細胞分裂素/生長素的比值是控制器官發生的重要因素，調整他們的適當比值就可以有效的控制愈傷組織的芽、根等器官的分化。在此理論下，愈傷組織誘導不定芽的能力，與愈傷組織的狀態密切相關，能夠誘導形成分生細胞團至關重要，分生細胞排列較為規律，較大的在外，越向內細胞越小，排列也越緊密，細胞質濃厚，核相對較大，這樣的分生細胞在激素比值調控的情況下，就很容易形成不定芽。這也就是為什么愈傷組織在繼代的時候要交替使用不同激素的原因。